SMA Negeri 16 Surabaya dikenal dengan nama SIXTEEN sudah berdiri sejak tahun 1975. SMA Negeri 16 Surabaya semula bernama SMA Negeri 3 Surabaya bertempat di Jalan Gentengkali. Kebijakan pemerintah pusat pada saat itu membuat SMA Negeri 3 Surabaya harus berpindah dari Gentengkali ke daerah kecamatan Tenggilis Mejoyo. Nama SMA Negeri 3 Surabaya tidak boleh digunakan karena adanya nama yang sama yang digunakan yaitu SMA Negeri 3 Surabaya yang saat ini berada di wilayah Kenjeran. Melalui surat keputusan  No. 0255/C/1975 pada tahun 1975 nama SMA Negeri 3 Surabaya Gentengkali berubah nama menjadi SMPP (Sekolah Menengah Pembangunan Persiapan). Pembangunan SMPP dimulai pada tahun 1974 dan mulai ditempati pada tanggal 26 November 1975. Perubahan nama kembali terjadi pada tahun 1985, nama SMPP berubah menjadi SMA Negeri 16 Surabaya berdasarkan SK. No. 0353/0/85.