Sesuai dengan Struktur Kurikulum Nasional, pembelajaran di kelas XI dilaksanakan dengan peminatan sesuai pilihan murid dengan mengacu sumber daya di sekolah.
Sehubungan dengan hal itu, SMAN 16 Surabaya menyusun pilihan peminatan dengan mata pelajaran pilihan sebagai berikut:
1. Peminatan A: Ekonomi, Geografi, Sosiologi dan Bahasa Inggris tingkat lanjut 2. Peminatan B: Ekonomi, Geografi, Sosiologi dan Informatika 3. Peminatan C: Fisika, Kimia, Matematika tingkat lanjut dan Informatika 4. Peminatan D: Fisika, Kimia, Matematika tingkat lanjut dan Sosiologi 5. Peminatan E: Biologi, Kimia, Ekonomi dan Bahasa Inggris tingkat lanjut 6. Peminatan F: Biologi, Fisika, Kimia dan Matematika tingkat lanjut
Kepada para murid kelas X, dimohon untuk segera mengisi pilihan minat melalui link berikut: